Nehéz időszakon mentek át a patinás budapesti csapatok a 2000-es években. Bár a Ferencváros (2001, 2004) és az MTK (2003, 2008) is kétszer-kétszer nyert bajnoki címet az évtizedben, a másik hat alkalommal vidéki csapat végzett az első helyen. Emellett ráadásul kiesett az NB I-ből az anyagi problémákkal küzdő Vasas (2002), sőt a csapat rövid időre meg is szűnt. Jámbor János szerepvállalásával azonban újra feltámadt 2003-ban, és a Kecskemét játékengedélyével az NB I/B-ben indult, majd rögtön kiharcolta a feljutást. Az angyalföldiek mellett a Kispest Honvéd (2003) is búcsúzott az első osztálytól. A 2006–2007-es idényben pedig olyan történt, amire azelőtt egyszer sem volt példa.
A Ferencváros gazdasági helyzete katasztrofálissá vált, és nem kapott licence-et az NB I-es indulásra, így a másodosztályba került. Az együttes története során először nem az élvonalban szerepelt, ráadásul csak harmadik nekifutásra harcolta ki a feljutást.
Ezzel szemben a vidéki klubok szárnyaltak. Korábban egyetlen évtizedben sem volt hasonló a dominanciájuk. Hogy mást ne mondjunk, 2000 előtt csupán három nem budapesti együttes (Nagyvárad, Győr, Vác) tudott bajnokságot nyerni az élvonalban, és nekik is összesen ötször sikerült.
Az ezredfordulón azonban már meg is született a negyedik vidéki bajnok: a Dunaferr. Két évvel később pedig a Zalaegerszeg nyerte meg az első osztály küzdelmeit – története során először.
Időközben a Debrecen egyre jobb eredményeket produkált. A Loki 2003-ban és 2004-ben is bronzéremmel zárt, sőt 2003-ban kupadöntőt is játszott, és kiharcolta az indulást az UEFA-kupában. A csapat ráadásul olyan bravúrt hajtott végre, amelyre azt megelőzően 19 évig egyetlen magyar csapat sem volt képes, és sajnos azóta sem sikerült. A debreceniek ugyanis a tavaszi szezonig állva maradtak a sorozatban. A selejtezőkörben a litván Ekranast búcsúztatták 3–2-es összesítéssel, majd az 1. fordulóban a horvát Vartekset ejtették ki kettős győzelemmel (6–3). A 2. fordulóban a görög PAOK-on idegenben szerzett több góllal (1–1) jutott túl a DVSC, ám a következő körben a FC Bruges már túl nagy falatnak bizonyult. A továbbjutás akkor sem sokon múlt, a belgák ugyanis 1–0-s összesítéssel mentek tovább.
Már akkoriban látszott, hogy valami készül Debrecenben, aminek meg is lett az eredménye. Az együttes 2005-ben bajnok lett, majd egymás után kétszer is megvédte a címét. Ezzel az első vidékiként hozta össze a „triplázást”. Bár 2008-ban ezüstéremmel zárt, egy évvel később ismét az első helyen végzett, s immár négyszeres bajnokként a legsikeresebb vidéki klubbá vált.
A következő idény ráadásul fantasztikusan kezdődött a csapat számára, és (az FTC után) második magyar csapatként bejutott a Bajnokok Ligája főtáblájára. Ehhez a svéd Kalmar FF-en, az észt Levedia Tallinnon és a bolgár Levszki Szófián kellett túljutnia. A csoportkörben azonban az olasz Fiorentina, a francia Lyon és az angol Liverpool túl erősnek bizonyult, és végül pont nélkül búcsúzott a Loki.
A válogatott ellenben nem könyvelhetett el hasonló sikereket a 2000-es években. A nemzeti csapat Bicskei Bertalannal vágott neki a 2002-es világbajnokság selejtezőjének. Magyarország a csalódást jelentő negyedik, utolsó előtti helyen végzett, így a szövetségi kapitánynak távoznia kellett, akinek a helyét Gellei Imre vette át. Ő sem tudott csodát tenni, a válogatott ismét negyedik lett az ötből, így a 2004-es Európa-bajnokságra sem jutott ki.
Az újabb kudarc után a német Lothar Matthäus került a kispadra, és bár a válogatott újfent a 4. helyen végzett a 2006-os vb selejtezőjében, abban az időszakban olyan csapatok ellen játszott felkészülési mérkőzést, mint Brazília, Németország, Franciaország és Argentína. Ezzel együtt a legtöbbeknek talán az ugrik be elsőként, hogy a német szakvezető milyen sok játékost kipróbált a nemzeti csapatban.
Ezt követően Bozsik Péter, majd Várhidi Péter irányította a válogatottat – kevés sikerrel. A magyarok hét csapatból az utolsó előtti helyen végeztek az Eb-selejtezőben, ami történelmi mélypont volt – korábban ugyanis egyszer sem volt még hatodik a csapat bármilyen selejtezőben.
Az évtized során a holland Erwin Koeman lett a hatodik szövetségi kapitányunk. Bár a pótselejtezőt érő 2. helytől csak három pontra volt a válogatott, a bravúr akkor sem jött össze. Végül a 4. helyen végzett a csapat, így lemaradt a dél-afrikai vb-ről is.
A hosszú, borús időszak után azonban elkezdett kitisztulni az ég, és a 2010-es években újra nagy tornán szerepelt a magyar csapat. Sőt még a klubcsapataink is értek el remek eredményeket.